1561년 명종16년 신유 61세
지리산 덕산으로 이사하시다. 덕산우음을 읊고 세정과 인생을 슬퍼하시다. 토동의 재산은 모두 아우에게 물려주다. 당시 덕산의 행정구역은 진주였다.산천재를 짓고 문생들과 함께 강학논도(講學論道:학문을 강의하고 도를 이야기함)하자 진주, 산음(산청), 함양, 거창 지방의 선비들이 모여들었다.

정탁91526-1605 이순신을 중용하고 왜란에서 나라를 구한 명신 일찍 이황에게도 배웠고 이때 이미 나이 서런여섯이었다)
조원 이조가 배우러 왔다. 이년 뒤 정탁이 다름 벼슬에 임명되어 떠날 때 남명이 소를 주어 타고 가게했다는 이야기가 전한다. 너무 민첩함을 경계한 것이다.
산천재벽에는 소로 밭가는 모습, 바둑 두는 모습, 차 끓이는 모습의 벽화를 그렸는데 그 일부가 지금도 남아있다.
이해 황진이가 와서 만났다는 이야기도 있으나 년배로 봐서 확인하기 힘들다. 진주에 사는 자형 이공량이 재각 영모당을 지었는데 그 영모당기를 지었다.

1562년 명종 17년 임술 62세
밀양의 친구 송계 신계성이 별세하여 조문하고 비명을 썼다.

1563년 명종 18년 계해 63세
설학 이대기가 와서 배우고 사천의 구암 이정이 내방하였다.
이대기는 1589년기축옥사때 정여립에 연루되었다는 최영경의 무죄를 상소하였고 임란시는 의병을 일으켰다. 영창대군의 제거를 반대하다가 귀양간 동계 정온을 구하려다 백령도로 유배되기도 했다.
3월에 함양의 남계서원에 가서 정여창의 사당에 배례했다.
상중에 있는 갈천 임훈을 방문 위로하고 년노하여 과례가 오히려 옳지 아니함을 일럿다. 임훈은 이름난 효자로 그 정려가 거창 갈계리에 남아있다. 동강 김우옹이 배우러왔다. 남명은 성성자를 김우옹에게 주고 손주사위로 삼았다.
김우옹은 남명이 남긴 위대한 인물 중의 한분이다.

1564년 명종 19년 갑자 64세
2월에 청송의 부음을 듣고 조문하다.
7월에 덕계 오건과 삼정사에서 만나다.
남명은 덕계를 진교에까지 전송하여 그곳을 지금도 송객정이라 이름하는 정자가 있다.

여퇴계서를 씀."요즘 공부하는 사람들은 손으로 물뿌리고 비질하는 예절도 모르면서 입으로 천리를 논하고 헛된 이름을 훔쳐 남들을 속이려합니다. 선생같은 어른이 나서 꾸중하여야하지 않겟습니까"

1565년 명종20년
문정왕후가 섭정을 겨우 거두었으나 4월에 죽고 중 보우도 주살되었다. 물러난 그 유명한 정난정과 윤원형도 파주에서 죽는다.
수우당 최영경이 와서 배웠다. 최영경은 남명사후 3년간 심상을 입었다. 지금 산천재 주변에 잇는 노송은 수우당이 심었다하여 수우송이라 부르기도 한다. 뒤에 정여립의 난에 연루되엇다는 무고로 진주에서 같힌후 정철의 국문 장독으로 1590년 옥사한다.

1566년 명종 21년 병인 66세
1월 노옥계와 지곡사에 모이다.
2월 구암과 함께 단속사에 모이다.
3월 갈천 옥계 개암과 안의 옥산동을 유람하고 시를 짓다.

윤원형이 실각되자 8월에 상서원 판관(종5품)에 제수됨과 동시에 명종의 특지로 처음 포의를 입은 채 조정에 나아가(10월 3일) 숙배(삼가 공손히 절함)하고 사정전에서 명종이 치정(治政)과 위학지도(僞學之道)를 묻자 거기에 응답한 바가 있다. 이때는 문정왕후가 죽고 윤원형이 실각되자 명종이 비로소 친정하던 시기로 조야가 새로운 희망을 갖고 관망하였다.

명종도 척족 정치의 폐단을 시정하고 사람을 등용하며 세도를 만회하려는 기미가 엿보였으므로 남명이 소(疏)에 응하여 입궐하였으나 막상 명종을 배알하고 조정의 분위기를 살펴 본 결과 임금의 성의와 조정대신들의 경륜이 부족함을 파악하고 나서는 곧 8일만에 사직하고 귀향하였다. 덕산 계정에 써 붙였다는 시중"천석들이 종을 보라, 방망이가 크지 않으면 소리를 낼 수 없다"는 구(句)는 아마도 이 때의 유감을 솔직히 표현한 것이 아닌가 한다.

1567년 명종 22년 정묘 67세
유대유가 경상감사로 부임하여 와서 배우다.
6월에 명종이 승하하였다.
선조가 왕위에 올라 11월 특지(特旨)로 수차 불렀으나 상경하지 않고 소를 올렸다.
다시 12월에 부름이 있어 이번에는 "구급"이라는 상소를 올렸다.

1568년 선조 원년 무진 68세
5월에 다시 부름이 있었고 유명한 무진봉사-서리의 폐단을 낱낱이 고발한 소를 올린다.(다른 항에 있음.)
이 때를 전후하여 정술, 최항, 유대수, 곽재우, 성여신 등이 내학 한다. 곽재우는 남명의 외 손주사위가 되었으며 임란시 의병을 일으키고 역사에 길이 이름을 남긴다.

1569년 선조2년 기사 69세
종친부전첨(정4품)을 내렸으나 나아가지 않다.
일본의 노략질이 심해지고 선생은 나라의 앞날을 크게 걱정하여 제자들에게 방책을 쓰게 했다.

1570년 선조3년 경오 70세 :
다시 부름이 있었으나 출사하지 않음. 이때 올린 소는 전하지 아니한다.

1571년 선조4년 신미 71세
1월에 퇴계의 부음(訃音)을 듣다. 지난해 12월에 졸(卒:죽음)하였다는 소식을 듣고 애도함. 12월에 병이 듬.

1572년 선조5년 임신 72세
동강(東岡)이 혹시라도 돌아가시게 되면 어떤 이름으로 부름이 마땅하겠습니까 하니 말씀하시기를 "처사(處士)라 함이 옳다"하시다.
2월8일 타계. 병이 깊자 정인홍과 김우옹은 20여일 동안 병을 돌보고 임종을 지켰다.
선조께서 부음을 듣고 통정대부사간원대사간에 추증하고 제문과 함께 제물을 하사하고 제관을 보내어 제사지냄. 4월에 동산에 묻힘.
정실에는 1자 1녀가 있었는데 아들 차산은 요절하고 딸은 만호 김행에 출가.
부실 송씨는 선비집안의 딸로서 3남1녀를 낳았으며 차석(현감), 차암(주부), 차정(만호) 모두정실 소생과 다름없이 벼슬을 하였다. 김우옹(동강, 부제학)과 곽재우(망우당, 감사)는 선생의 외손서(외손녀의 남편)였다. 기축옥사로 남명문도가 한때 큰 타격을 받고 남인의 집권으로 북인이 수세에 몰려 선조 말까지 추숭(존)(追崇(尊))사업에 중지됨. 광해군의 등극과 함께 대북파가 집권 그 영수인 정인홍이 스승의 추숭(존)(追崇(尊))사업에 적극 나서 동왕 원년에 대광보국 숭록대
부 의정부 영의정 겸 영경연 홍문관 예문과 춘추관 관상감사 세사자에 추증되고 道德博問曰文, 直道不撓曰貞(도덕박문왈문이요, 직도불요왈정이라)이라는 문정(文貞)의 시호가 내려졌다.